تهدف الدراسات العليا بقسم الجغرافيا إلى إعداد الكفاءات العلمية من خريجي أقسام الجغرافيا والتخصصات المساعدة ممن لا تقل تقديراتهم عن جيد (65%) للحصول على درجتي التخصص العالي (الماجستير) و الإجازة الدقيقة (الدكتوراه) وذلك وفق ما تنص عليه لائحة الدراسات العليا وقرارات اللجنة الشعبية للكلية بالخصوص.
وقد بدأت الدراسات العليا بقسم الجغرافيا في عام 1979 بعدد بسيط من الطلاب وتطور عددهم إلى عشرات الطلاب من معيدين وخريجين من أقسام الجغرافيا المختلفة، والتخصصات الأخرى المساعدة من أقسام الجيولوجيا والهندسة والزراعة والعلوم السياسية، وقد تم مناقشة أول رسالة ماجستير بالقسم في العام 1989 ثم توالى بعد ذلك مناقشة العشرات من رسائل التخصص العالي، تم من خلالها دعم العديد من أقسام الجغرافيا بأعضاء هيأة التدريس في كل من جامعة عمر المختار وأقسام الجغرافيا في كل من المرج والأبيار وإجدابيا وسرت ومصراته وزليطن وترهونة والزاوية وسبها وأوباري وطبرق ومرزق والكفرة، وخلال العام الجامعي 93-1994 شرع القسم في قبول طلاب لنيل درجة الإجازة الدقيقة (الدكتوراه) حيث تم مناقشة رسالتان في هذا المجال خلال عام 2000 وعام 2004.
وقد تطور برنامج الدراسات العليا بالقسم لنيل درجة التخصص العالي (الماجستير) عما كان عليه سابقاً وذلك بعد استحداث شعبتين في الدراسة هما: (شعبة الجغرافيا البشرية وشعبة الجغرافيا الطبيعية) وينقسم البرنامج إلى الآتي:

 السنة التمهيدية (المرحلة التمهيدية):
يتطلب في هذه المرحلة اجتياز الطالب بنجاح وبمعدل عام لا يقل عن جيد وبنسبة لا تقل عن 65% لعدد (7) مقررات دراسية، أي ما يعادل 21 ساعة من المواد الأساسية والاختيارية.

مرحلة إعداد الرسالة:
بعد اجتياز الطالب لمقررات السنة التمهيدية بنجاح وبمعدل لا يقل عن 65% في كل مقرر، يقوم الطالب بإعداد خطة البحث في الموضوع الذي يرغب دراسته خلال ستة أشهر من إعلان النتيجة وتقديمه للقسم لمناقشته والموافقة عليه وتحديد مشرفاً له، وعلى الطالب التقيد بنصوص لائحة الدراسات العليا بالخصوص وقرارات اللجنة الشعبية للكلية بهذا الشأن.